农村房屋和国有土地上房屋虽然同为房屋，但因其所处区位不同，在进行房屋拆迁时亦存在很多不同之处。
1、拆迁项目开展原因不同
依据被拆迁房屋所处土地性质不同，房屋拆迁行为又可以分为城市房屋拆迁和农村房屋拆迁(征地拆迁)。征地拆迁中只有少数项目是因商业开发，一般是国家出于公共利益的需要，依照法定程序得到相关部门批准后，将集体土地征收为国有土地，与被征收人商谈好征收补偿款项后对集体土地上建筑物进行拆除的行为。城市房屋拆迁则是因城市建设项目需要，在城市规划区内的国有土地上，拆迁单位满足一定条件取得拆迁许可证，与被拆迁人订立拆迁补偿安置协议后，对其房屋进行拆除。
2、法律适用不同
我国法律目前并没有针对集体土地上房屋制定专门的法律。实践中遇到此类问题，一般依据《土地管理法》;而国有土地上房屋拆迁则有专门的适用法——《国有土地上房屋征收与补偿条例》。
3、批准部门不同
集体土地房屋拆迁必须由国务院、省、自治区及直辖区作出土地征收的批复;国有土地上房屋拆迁必须由县级以上人民政府作出征收决定。
4、实施部门不同
集体土地上房屋拆迁由县级以上地方人民政府公告并组织实施，一般由国土资源局具体实施;国有土地上房屋拆迁由县级以上人民政府组织实施，一般由住建局房屋征收部门具体实施。
5、补偿标准不同
如上第二条，城市房屋拆迁和农村房屋拆迁依据法律不同，其补偿标准也不相同。城市土地寸土寸金，依据市场价进行拆迁补偿，考虑的因素除建筑物面积外，还有区位和用途等。相较而言，农村宅基地上房屋补偿就要低很多，基本只补偿宅基地和地上物等成本重置费。因此间差额较大，因而在城郊等地进行拆迁时是按何种房屋性质进行补偿，成为引发纠纷的主要导火索之一。
6、强制执行程序不同
集体土地上房屋强拆一般有国土资源部门作出《责令交出土地决定》后申请法院强制拆除，国有土地上房屋强拆一般是作出征收补偿决定书，由县级以上人民政府申请法院强制拆除。
